No ano de 2017, o sector de Saúde iniciou a dinamizar o processo da reforma orgânica do sector, que culminou com a aprovação do novo estatuto orgânico do Ministério da Saúde e onde originou a reestruturação e a alteração do então Instituto Nacional de Saúde Pública para Instituto Nacional de Investigação em Saúde.

A 22 de Maio de 2019 foi publicado em Diário da República o Decreto Presidencial n.º 177/19 que cria o Instituto Nacional de Investigação em Saúde e aprova o seu Estatuto Orgânico, revogando toda a legislação do anterior Decreto Presidencial n.º 279/14. Este documento é o resultado de uma constante perseverança que durou 34 anos.